Nach dem Studium bei Prof. Heinz Mönnig (Soloklarinettist beim Phil. Staatsorchester in Hamburg) und bei Prof. Jost Michaels an der Musikhochschule in Detmold war Stefan Wipplinger als Klarinettist zunächst beim Luftwaffenmusikkorps 4 in Hamburg tätig, bis heute als Klarinettist und Bassklarinettist beim Polizeiorchester Hamburg.

Seit vielen Jahren unterrichtet Stefan Wipplinger zudem an diversen Musikschulen und Schulen in Schleswig-Holstein, Hamburg und Umgebung.